Tworzeniu Muzeum II wojny światowej od początku towarzyszy atmosfera kontrowersji, żeby nie powiedzieć skandalu. Zaczęło się od działań ministra Sławomira Nowaka, który postanowił na dyrektora muzeum wylansować swojego „teczkowego”, który otwarcie się chwalił że na historii się nie zna i się nią nie interesuje.